home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ BCI NET 2 / BCI NET 2.iso / archives / demos / misc / prosite.lha / Prosite / data / PDOC00770 < prev    next >
Encoding:
Text File  |  1995-03-04  |  1.7 KB  |  42 lines
  1. *******************************************
  2. * Transposases, Mutator family, signature *
  3. *******************************************
  4.  
  5. Autonomous mobile genetic elements  such as  transposon or insertion sequences
  6. (IS) encode an enzyme, called transposase,  which is required for the excision
  7. and insertion of the mobile element.  On  the  basis of sequence similarities,
  8. transposases can  be grouped into various families.  One of these families has
  9. been shown [1,2,3] to consist of transposases from the following elements:
  10.  
  11.  - Mutator from Maize.
  12.  - Is1201 from Lactobacillus helveticus.
  13.  - Is905 from Lactococcus lactis.
  14.  - Is1081 from Mycobacterium bovis.
  15.  - Is6120 from Mycobacterium smegmatis.
  16.  - Is406 from Pseudomonas cepacia.
  17.  - IsRm3 from Rhizobium meliloti.
  18.  - Is256 from Staphylococcus aureus.
  19.  - IsT2 from Thiobacillus ferrooxidans.
  20.  
  21. The maize  Mutator transposase (MudrA)  is  a  protein of 823 amino acids; the
  22. bacterial  transposases are proteins of 300 to 420 amino acids. These proteins
  23. contain a conserved domain of about 130 residues.  We have derived a signature
  24. pattern from the most conserved part of this domain.
  25.  
  26. -Consensus pattern: D-x(3)-G-[LIVMF]-x(6)-[STAV]-[LIVMFYW]-[PT]-x-[STAV]-x(2)-
  27.                     [QR]-x-C-x(2)-H
  28. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  29. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  30.  
  31. -Expert(s) to contact by email: Eisen J.A.
  32.                                 jeisen@kimura.stanford.edu
  33.  
  34. -Last update: June 1994 / First entry.
  35.  
  36. [ 1] Eisen J.A., Benito M.-I., Walbot V.
  37.      Nucleic Acids Res. 22:2634-2636(1994).
  38. [ 2] Guilhot C., Gicquel B., Davies J., Martin C.
  39.      Mol. Microbiol. 6:107-113(1992).
  40. [ 3] Wood M.S., Byrne A., Lessie T.G.
  41.      Gene 105:101-105(1991).
  42.